Il Centro Informatico Ateneo di Messina (C.I.A.M.), per gli aspetti prettamente operativi, è articolato in due Segreterie Tecniche che coordinano le risorse e pianificano le attività di propria competenza, in 4 unità organizzative, in 8 unità operative ed in 3 unità in staff. Il C.I.A.M. si compone anche di organi di indirizzo politico strategico: il Presidente ed il Consiglio Direttivo.
Di seguito si riporta l'organigramma approvato dal Consiglio di Amministrazione: