Le Università sono dotate di personalità giuridica e hanno autonomia didattica, scientifica, organizzativa, finanziaria e contabile; esse si danno ordinamenti autonomi con propri statuti e regolamenti.
Lo Statuto dell'Università degli Studi di Messina è l'atto normativo interno fondamentale. Esso è deliberato dal Senato Accademico, a maggioranza assoluta dei componenti, previo parere favorevole espresso a maggioranza assoluta dei componenti del Consiglio di Amministrazione, è trasmesso al Ministero dell'Istruzione, dell'Università e della Ricerca per il controllo di legittimità e di merito previsto dall'art. 6 della legge 9 maggio 1989 n. 168 ed è successivamente emanato con Decreto Rettorale. Lo Statuto dell'Università degli Studi di Messina entra in vigore il quindicesimo giorno successivo alla sua pubblicazione nella Gazzetta Ufficiale della Repubblica Italiana. L'attuale Statuto è stato interamente revisionato alla luce delle disposizioni della legge 30 dicembre 2010 n. 240 (c.d. Legge Gelmini).