Francesco Zanotelli è attualmente professore associato per il settore scientifico MDEA-01 presso il Dipartimento di Scienze Cognitive, Psicologiche, Pedagogiche e degli Studi Culturali, ha insegnato Antropologia della Famiglia, Antropologia della Gobalizzazione, e attualmente insegna Metodologia della ricerca etnografica (per il servizio sociale), Antropologia Medica (per la Psicologia) e Discipline demo-etno-antropologiche (per le professioni sanitarie). Dopo la laurea in Filosofia con indirizzo demo-etno-antropologico all'Università di Siena (1997), ha conseguito il Dottorato in Scienze Antropologiche presso l'Università di Torino (2005) e ha svolto ricerche post-dottorali presso il dipartimento di Filosofia e Scienze Sociali dell'Università di Siena. Ha insegnato nelle università di Siena, Bologna, Venezia Ca' Foscari, Modena e Reggio Emilia. É stato visiting professor presso la Universidad de Sevilla, la Universidad IberoAmericana di Città del Messico, la Virginia Commonwealth University di Richmond (VA), il CIESAS-Unidad PAcifico Sur di OAxaca (Messico). Ha fatto parte del collegio docenti della Scuola di specializzazione in Antropologia della Migrazione dell'Università di Milano Bicocca e ha fatto parte del Collegio Docenti del Dottorato in Antropologia e studi storico-linguistici dell'Università di Messina.

I suoi principali interessi di ricerca si dividono in due campi tematici tra loro interconnessi:
i processi socioculturali in ambito economico (relazioni di dipendenza associate alle pratiche della finanza; circolazione monetaria e definizione della persona; processi industriali e del lavoro nelle configurazioni locali del capitalismo, XX e XXI secolo, cooperazione internazionale e ricadute locali in particolare nella concezione del rapporto con le risorse naturali);
le dinamiche demografiche e di popolazione del territorio in relazione ai processi identitari (individuali, parentali, etnici, regionali, nazionali, transnazionali) e alle politiche neoliberiste: nuove forme di famiglia e culture della parentela; aiuto intergenerazionale, welfare-state e mercato del lavoro straniero di cura; nuove migrazioni interne e insicurezza sociale.

I terreni nei quali sviluppa la propria ricerca sono il Messico Nord-Occidentale e Istmico (stati di Jalisco e Oaxaca) e l'Italia (in particolare la Toscana meridionale), privilegiando l'incrocio delle fonti: l'interazione orale, l'immersione prolungata nella quotidianità del contesto; la produzione e raccolta di dati quantitativi, il materiale d'archivio.

Oltre all'attività accademica, promuove e collabora alla diffusione dei metodi e degli approcci antropologici nella società e nel mondo del lavoro. Da questa prospettiva ha ricoperto fino al 2015 il ruolo di presidente dell'associazione culturale CREA (Centro Ricerche Etnoantropologiche) con sede a Firenze e dal 2016 al 2020 è stato vice-presidente di ANPIA Associazione Nazionale Professionale Italiana di Antropologia, di cui è socio fondatore.

Ha pubblicato i risultati delle sue ricerche in riviste e case editrici internazionali (Relaciones, CIESAS, Verlag Campus, Vervuert, Routledge, Popolazione e Storia) e italiane (Anuac, Lares, La Ricerca Folklorica, ParoleChiave, LatinoAmerica, Economia e Società regionale, Franco Angeli, il Segnalibro, EditPress, ETS, Viella, il Fiorino, Forum, CISU, L'Harmattan Italia).

È membro del consiglio direttivo della SIDES (Società Italiana di Demografia Storica), membro del comitato scientifico della rivista 'Popolazione e Storia', e di 'Illuminazioni', è socio della European Association of Social Anthropology, di SIAC Società Italiana Antropologi Culturali, di SIAA Società Italiana di Antropologia Applicata. Dirige la collana 'Antropologia per la Società' della casa editrice Edit e fa parte del comitato scientifico della collana Etnografie (OmbreCorte) e della collana "Terreni di Confronto" (Rosenberg & Sellier).