L’Università di Messina ha attivato il servizio PagoPA®, il sistema pubblico dei pagamenti indicato dall'Agenzia per l'Italia Digitale, attraverso cui gli studenti potranno pagare le loro spettanze, direttamente OnLine o presso i PSP aderenti all’iniziativa. 
PagoPA®, garantisce a privati e aziende di effettuare pagamenti elettronici alla PA in modo sicuro e affidabile, semplice e in totale trasparenza nei costi di commissione. Si tratta di un'iniziativa promossa dalla Presidenza del Consiglio dei Ministri alla quale tutte le PA sono obbligate ad aderire. 

Attraverso il sistema PagoPA® è possibile effettuare il pagamento con le seguenti modalità:

1) sul sito web di ateneo  https://unime.esse3.cineca.it/Home.do accedendo all'apposita sezione e scegliendo tra gli strumenti disponibili: carta di credito o debito o prepagata, oppure il bonifico bancario nel caso si disponga di un conto corrente presso banche, Poste e altri prestatori di servizio di pagamento aderenti all'iniziativa.

Per poter effettuare il pagamento occorre indicare il codice IUV presente sull'avviso.

2)  presso le banche e altri prestatori di servizio di pagamento aderenti all'iniziativa tramite i canali da questi messi a disposizione (come ad esempio: home banking, ATM, APP da smartphone, sportello, ecc). L'elenco dei punti abilitati a ricevere pagamenti tramite pagoPA® è disponibile alla pagina "http://agid.gov.it/pagopa ".
Per poter effettuare il pagamento occorre utilizzare il Codice Avviso di Pagamento oppure il QR Code o i Codici a Barre, presenti sulla stampa dell'avviso.