Nel 2012, con la soppressione delle Facoltà, l’Ateneo di Messina si è dato un nuovo assetto organizzativo ponendo al centro i dipartimenti come strutture nelle quali concentrare sia l’attività di didattica sia quella di ricerca.
Il Dipartimento di Medicina Clinica e Sperimentale è uno dei dodici dipartimenti istituiti con D.R. n. 1477 del 6 luglio 2015.