Obiettivi Formativi

Conoscenza dei meccanismi che regolano i rapporti mutualistici fra microrganismi ed ospite e quelli antinfettivi. Conoscenza e capacità di utilizzo delle specifiche indagini diagnostiche di ambito microbiologico. Conoscenza delle infezioni virali epatiche.

Learning Goals

The aim of the course is to provide students with a theoretical, methodological and technical preparation in the field of microbiological and virological molecular diagnostic . In particular, the course aims to provide the Knowledge of the mechanisms that regulate the mutual relations between microorganisms and the host. Knowledge and ability to manage specific diagnostic tests for microbiological field. Knowledge of viral infections of the liver.

Metodi didattici

Lezioni frontali : l'insegnamento viene svolto con l’impiego di diapositive e video a supporto del testo consigliato utilizzando un metodo didattico interattivo che evidenzia se le informazioni sono state recepite e comprese. Attività di laboratorio : esecuzione di esperimenti in laboratorio

Teaching Methods

Lessons: teaching is making using slides and text support video. This interactive method of teaching shows whether the information has been received and understood. Laboratory activities: performing laboratory experiments

Prerequisiti

- Organizzazione degli esseri viventi. - Struttura ed elementi distintivi della cellula procariotica ed eucariotica. - Diversità dei microrganismi eucarioti. - La spora: struttura e significato biologico. - Metabolismo, nutrizione e crescita nei procarioti. - Aspetti principali della diversità metabolica e della nutrizione microbica. - La curva di crescita. - Il processo di divisione cellulare nei batteri. Il controllo della crescita batterica. - La sterilizzazione e gli antibiotici - Biologia molecolare e genetica batterica. - Meccanismi di ricombinazione e scambio genetico tra i batteri: la trasformazione genetica; il processo di trasduzione fagica; il processo di coniugazione. - Il fattore F e le cellule HFR. - Caratteristiche generali, struttura e classificazione dei virus batterici e animali. - Modelli di replicazione dei virus dei batteri: batteriofagi virulenti (T4 e T7) e temperati (lambda); ciclo litico e ciclo lisogeno. - Modelli di replicazione dei virus animali.- Apparato di traduzione: ribosomi e meccanismi di traduzione del messaggio genetico. - Maturazione e smistamento delle proteine. - Le basi della regolazione dell’espressione genica nelle cellule procariotiche

Prerequisites

Organization of living organisms. - Structure and distinctive elements of the prokaryotic and eukaryotic cells. - Diversity of eukaryotic microorganisms. - The spore: structure and biological meaning. - Metabolism, nutrition and growth of prokaryotes. - aspects of metabolic and microbial nutrition diversity. - The growth curve. - The process of cell division in bacteria. The control of bacterial growth. - The sterilization and antibiotics - Molecular biology and genetic of bacteria. - Recombination mechanisms and genetic exchange among bacteria: genetic transformation; the phage transduction process; the process of conjugation. - The F factor and HFR cells. - General characteristics, structure and classification of bacteria and animal viruses. - Models of replication of bacterial viruses: virulent bacteriophages (T4 and T7) and temperate (lambda); lytic cycle and lysogenic cycle. - Models of replication of viruses- apparatus translation: ribosomes and mechanisms of translation of genetic message . - The bases of the regulation of gene expression in prokaryotic cells

Verifiche dell'apprendimento

Verifiche in itinere prive di finalità valutative. Verifica finale mediante un esame di profitto orale riguardante i contenuti dell’insegnamento. La valutazione riguarda l’apprendimento e, quindi, la profondità delle conoscenze, con la tipologia (mnemonica-interpretativa-decisionale) di competenza ed il livello di abilità (teorico, teorico-pratico, pratico automatico/autonomo) raggiunto.

Assessment

Checks in the pipeline without evaluative purposes. Final oral verification on the content of teaching. The evaluation concerns learning and, therefore, the depth of knowledge, with the type of expertise (mnemonic-interpretive-decision) and skill level (theoretical, theoretical and practical, automatic / self-practical) reached.

Programma del Corso

MODULO di DIAGNOSTICA MOLECOLARE BATTERIOLOGICA E VIROLOGICA - Introduzione alla diagnostica microbiologica e virologica - I metodi molecolari utilizzati nella diagnostica e nel monitoraggio delle infezioni: vantaggi e limiti dei test molecolari in virologia e batteriologia - Scelta dei campioni, tempi, modalità di prelievo e trasporto dei campioni - Tecniche di coltivazione e isolamento di microrganismi patogeni - Applicazioni di metodi molecolari (PCR, Multiplex PCR, RT-PCR, Real time PCR, clonaggio, ibridazione degli acidi nucleici) nella diagnosi di infezioni di microrganismi patogeni - Tecniche molecolari per la differenziazione di ceppi microbici - Nucleic acid sequence based amplification (NASBA) - Strand Displacement Amplification (SDA) - Branched DNA assay - Transcription Mediated Amplification (TMA) - Metodica Inno-Lipa - Diagnosi di infezioni congenite e neonatali. - Diagnosi molecolare delle infezioni da virus respiratori. - Virus respiratori emergenti e riemergenti, variabilità genetica dei virus respiratori. - Diagnosi molecolare HCV e HBV; terapia antivirale e farmaco resistenza per HBV. - Marcatori molecolari di resistenza all’interferon. - Virus dell’immunodeficienza umana: origine ed evoluzione dei virus dell’AIDS; principali classi di farmaci anti HIV, metodi di diagnosi sierologica e diagnosi molecolare. - Tecniche molecolari di monitoraggio dell’infezione da HIV. Sviluppo delle farmaco-resistenze; saggi di farmaco-resistenza. - Papillomavirus: HPV mucosali e cutanei e loro ruolo nella carcinogenesi; metodi di diagnosi, tipizzazione, determinazione della carica virale e dell’espressione dei geni oncogeni di HPV. Meccanismi molecolari dell’oncogenesi da HPV. BKV e JCV. Diagnosi dell’infezione da BKV nei trapianti. MODULO di DIAGNOSTICA MOLECOLARE DELLE PATOLOGIE EPATICHE Metodiche molecolari utilizzate nella diagnostica epatologica. - Vantaggi e limiti dei test molecolari. - Tecniche di amplificazione degli acidi nucleici. - Metodiche di sequenziamento del DNA. - Analisi dei dati di sequenza. - Analisi della variabilità genetica. - Metodiche per l’analisi dell’espressione genica e di sintesi proteica. Diagnostica molecolare delle infezioni da virus epatitici. - Infezione da virus dell’epatite B. - Infezione da virus dell’epatite C. - Infezione da virus dell’epatite Delta. - Infezione da virus dell’epatite E. Test di resistenza ai farmaci antivirali - Metodica Inno-Lipa - Sequenziamento diretto e clonaggio degli acidi nucleici Test per la genotipizzazione virologica. - Metodica Inno-Lipa - Sequenziamento diretto e clonaggio degli acidi nucleici Analisi virologica fenotipica. - Il fenotipo virtuale Diagnostica molecolare di patologie epatiche ereditarie. - Emocromatosi - Sindrome di Gilbert

Course Syllabus

MOLECULAR methods fro BACTERIOLOGICAL and virological diagnosis - Introduction to microbiological and virological diagnosis - Molecular methods used in the diagnosis and monitoring of infections: advantages and limitations of molecular test in virology and bacteriology - Selection of the samples, timing, methods of sampling and transport of samples - Techniques of cultivation and isolation of pathogenic microorganisms - Applications of molecular methods (PCR, multiplex PCR, RT-PCR, real time PCR, cloning, hybridization of nucleic acids) in the diagnosis of infections caused by pathogenic microorganisms - Molecular techniques for differentiation of microbial strains - Nucleic acid sequence based amplification (NASBA) - Strand Displacement Amplification (SDA) - Branched DNA assay - Transcription Mediated Amplification (TMA) - Methodical Inno-Lipa - Diagnosis of congenital and neonatal infections. - Molecular diagnosis of respiratory virus infections. - Emerging and re-emerging respiratory virus, genetic variability of respiratory viruses. - Molecular diagnosis of HCV and HBV; antiviral therapy for HBV drug resistance. - Molecular markers of interferon resistance. - Human immunodeficiency virus: the origin and evolution of the AIDS virus; main classes of anti-HIV drugs, serological diagnostic and molecular diagnostic methods. - Molecular techniques for monitoring HIV infection. Development of drug-resistance; essays by drug resistance. - Papillomavirus: skin and mucosal HPV and and their role in carcinogenesis; methods of diagnosis, typing, determination of the viral load, and the expression of oncogenic genes of HPV. molecular mechanisms of oncogenesis by HPV. BKV and JCV. diagnosis of BKV in transplants. MOLECULAR DIAGNOSIS OF LIVER DISEASES Molecular diagnostic methods used in hepatology. - Advantages and limitations of molecular testing. - Amplification Techniques of nucleic acids. - Methods for DNA sequencing. - Analysis of the sequence data. - Analysis of genetic variability. - Methods for the analysis of gene expression and protein synthesis. molecular diagnosis of infections by hepatitis viruses. - Infection with hepatitis B virus - Infection with hepatitis C. - Infection with hepatitis Delta. - Infection with hepatitis E.  Test of resistance to antiviral drugs - Methodical Inno-Lipa - Direct sequencing and cloning of nucleic acids Virological tests for genotyping. - Methodical Inno-Lipa - Direct sequencing and cloning of nucleic acids Virological phenotypic analysis. - The virtual phenotype Molecular diagnostics of inherited liver diseases. - hemochromatosis - Gilbert's Syndrome